Bali bolo prvý raz osídlene 2000 rokov pred našim letopočtom. Ludia sem migrovali z južnej Číny a Oceánie. Balijská kultúra bola už od 1. storočia n.l. ovplivnená Indiou, Čínou a hinduizmom.

V 14. storočí sa Bali stalo kolóniou hinduistickej ríše Majaphait sídliaca na východnej Jáve. Po rozpade impéria sa na Bali ustanovilo niekoľko samostatných hinduistických kráľovstiev

Od polovice 19. storočia bolo Bali holandskou kolóniou. Holandská nadvláda nad Bali bola menej prepracovaná než nadvláda nad ostatnými časťami Indonézie. Z tohto dôvodu si Bali aj počas koloniálnych rokov uchovalo svoju kultúrnu a náboženskú identitu. Po druhej svetovej vojne nastal koniec koloniálnej nadvlády Holanďanov a Bali sa stalo súčasťou Indonézie. Bali je v rámci moslimskej Indonézie jediným ostrovom s majoritne hinduistickou populáciou – 83,5% balijskej populácie sa radí medzi Hinduistov